1. Аппарат управления.
2. Отдел бухгалтерского учета и заработной платы.
3. Отдел мониторинга почв и применения средств химизации:
- лаборатория полевых изысканий;
- лаборатория применения средств химизации и изготовления проектно-сметной документации;
- лаборатория землеустроительных работ;
4. Испытательная лаборатория.
4.1. Отдел технического анализа.
4.2. Отдел анализа безопасности продукции.
- лаборатория токсикологии;
- лаборатория радиологии;
- лаборатория микробиологии;
4.3. Отдел химико-аналитических исследований продукции.
- лаборатория анализа растениеводческой, пищевой продукции и кормов;
5. Отдел производственно-технического обслуживания.
Штат агрохимцентра - 82 сотрудника, 65 - с высшим образованием, 3 - со специальным техническим образованием.
Для выполнения поставленных перед учреждением задач имеется хорошая материально-техническая база: современные лабораторные приборы и оборудование, компьютерная, множительная техника, достаточное количество транспортных средств.